毛利氏が山代を含む領国内の検地を行ったのは1587-1590（天正15-18）のことです。いわゆる太閤検地の一環として行われたものです。このころの記録は部分的にしか残っていないませんが、山代の石高は5,300石と言われています。その後、慶長5年、すなわち関ヶ原合戦の年にも検地を行い、山代は11,901石とされました。

秀吉政権下の毛利氏は、中国地方8カ国120万石を安堵され、輝元が五大老に列せられるなど優遇されていましたが、文禄・慶長の役では朝鮮半島に大軍を派遣し、さらに広島城の構築にも巨費を投じるなど、収入も多ければ支出も多いという状態でした。このためもあってか、毛利藩の税率は73%と、太閤検地での平均67%に比べ高く設定されていました。

1600年（慶長5年）、関ヶ原の戦いで毛利輝元は西軍に加担。西軍が敗北したため、その領土は防長2カ国29万石へと削減されます。関が原合戦は9月15日、毛利氏への処分が決定されたのは10月10日です。この時期にはすでに農民からの年貢の徴収も終わっていたため、防長2カ国を除く90万石分の貢租を福島正則らの新領主に返納する必要が出てきました。

この危機に対応するため、毛利藩はまず多くの家臣に帰農を勧め（この時点で山代の地侍はほとんど帰農させられました）、また残留者の知行を削減するなどで支出の削減を図りますが、到底間に合うものではありません。このため、収入増加のために検地を行うこととしました。慶長5年の検地は、関ヶ原の敗戦後の混乱もあったため正確なものではなく、再度検地を行えばかなりの増収が期待できたためです。

検地の計画は慶長7年に持ち上がりましたが、諸般の事情で直ちには実施できず、山代では慶長12年から15年にかけて実施されました。検地の総奉行は三井元信と藤田元連です。太閤検地では6尺3寸平方を一歩、300歩を一反としましたが、慶長検地では6尺5寸の検地棹を使用したとあります。一見農民にとって有利なように思えますが、一反当たりの石高を多く見積もることで、全体としては石高は増加します。

慶長検地の結果、毛利藩の実石高は539,286石となり、表高29万石に比較して24万石の増加と、ほぼ倍増となりました。幕府に対しては、369,411石と上申し、これが公称石高とされました。

この過酷な課税が山代一揆の原因となったのです。