慶長一揆で一旦は減税を勝ち取った山代の農民たちでしたが、その後も苦難は続きました。早くも一揆の14年後の元和7年（1621）には山代代官平川清兵衛正時に租税増徴の命が出されています。続いて、藩では山代の紙に着目します。

山代の気候は楮の生産に向いており、かつ水にも恵まれているので紙の生産には最適です。このため、戦国期より山代では紙の生産が始まっていました。長州藩は、山代の農民たちに紙の生産を奨励しました。寛永2年（1625）の検地で山代全体を御蔵入地として藩の直轄地としました。寛永5年（1628）には楮究めが行われ、楮に対して重点的な課税がなされます。これは、御帳面楮と呼ばれる定数を決め、その分の紙は必ず漉いて藩に収めるというものです。あまりの重税に逃散する農民も出てきますが、これに対しては連帯責任制とし、逆に協力者には褒美を与えるなど、あめと鞭の政策をもって対応しました。

寛永8年(1631)には請紙制が実施されます。藩が一定金額で農民から紙を買い上げ、これを大坂で売りさばき利益をあげると言うものです。しかし、天候や不景気などで紙の値段は変動するため、場合によっては利益がでないこともありました。この場合は、藩ではなく紙漉農民に負担させました。

寛永検地は、実際に大規模な検地を実施したのではなく、見かけの租税率を下げるために、過去５年の租税収入を基に石高を算定したものです。ただし、山代に限れば楮への課税強化など、税負担は増加しました。

寛永20年（1643）には段子原村830石の内260石は作付けすらできない状態になります。明らかに藩の政策が失敗したのですが、これを解決するために当時の代官は大原村庄屋の力を借りています。大原村庄屋は藩から支給された復興資金では足りず、個人的に借財して復興を助けました。

慶長一揆から100年後の享保3年（1718）3月17日、山代に再び一揆が起こります。藩は600名の兵を持ってこれに対抗しました。農民の要求は一部が聞き入れられただけで一揆は終息させられました。慶長一揆の時は首謀者は直ちに処分されましたが、享保一揆の際はほとぼりがさめた享保7年から8年にかけて死罪4人を含む処断がなされています。

山代地方の石高は寛永18年（1641）の59,980石をピークに減少に転じています。山代の実勢を無視した石盛りで農民が疲弊した結果と言えるでしょう。